OncoDNA: le big data au service des soins oncologiques personnalisés

Portrait
Par · 10/09/2015

OncoDNA est une société carolo spécialisée dans ce qu’on appelle la théranostique, c’est-à-dire le développement et l’offre de solutions et systèmes qui allient des fonctions de diagnostic et de thérapeutique. Son domaine spécifique de spécialisation est celui de l’oncologie et de l’analyse de l’ADN des tumeurs et, plus spécifiquement encore, le développement de traitements personnalisés et l’identification des mutations génétiques qui sont spécifiques à chaque patient.

Grâce à une analyse génomique et anatomo-pathologique ciblée ou complète, OncoDNA vise à “affiner le suivi médical ou le choix d’un traitement selon le profil génomique de la tumeur du patient.”

Les techniques de séquençage haut débit mises au point doivent permettre de repérer les variants et les mutations des gènes, d’en déduire les effets (maladies), d’identifier les principales mutations sur lesquelles il sera possible d’agir via une thérapie adaptée, et de prédire et de suivre la réponse [des patients] aux médicaments anti-cancéreux.

Pour autoriser le développement de traitements personnalisés et identifier avec précision les mutations génétiques qui sont spécifiques à chaque patient, la société a mis au point diverses solutions, dont OncoDeep DX (un outil de caractérisation moléculaire qui permet d’identifier des mutations tumorales et de leur appliquer des thérapies adaptées), OncoDeep Clinical et OncoShare (une solution Web de suivi du séquencage ADN de patients cancéreux). Cette dernière solution procure des rapports dynamiques, permet de visualiser les résultats d’analyse et fournit des informations détaillées directement utilisables par les oncologues.

Le défi des ‘big data’

La médecine personnalisée et la génétique sont des terrains fertiles pour l’exploitation des “mégadonnées” et l’application de techniques analytiques poussées. Dans le cas d’OncoDNA, ses solutions OncoDeep DX et OncoDeep Clinical impliquent la “lecture” répétitive et l’analyse d’un certain nombre de gènes: 50 dans le premier cas, 109 dans le second.

 

Exome: partie du génome formée par les gènes codants, autrement dit les parties des gènes exprimées pour synthétiser les produits fonctionnels sous forme de protéines.

Cela peut paraître peu, à première vue, mais il n’en est rien. Un “lot” de 50 gènes représente en effet un volume de… 22 méga-octets de données. 30 lectures d’un exome (voir définition dans l’encadré ci-contre) normal – qui comporte 22.000 gènes -, donne un volume de 13 Go. 250 lectures d’un exome tumoral génère 125 Go de données.

Le tournis vous guette?

Outre les gains en précision et adéquation de thérapie, les développements d’OncoDNA visent aussi à diminuer le temps de développement de thérapies ciblées par les sociétés pharmaceutiques. “Le nombre de médicaments ciblant une modification génétique spécifique complique en fait le travail d’un oncologue.”

Au-delà du volume impressionnant de données à analyser, le temps est un facteur vital dans le cas d’un traitement du cancer. L’analyse doit donc en être très rapide – et précise.

Prochaine étape pour OncoDNA: le suivi des informations cliniques de l’état du patient, après qu’il ait subi son traitement.

“Sur base de l’historique de données constitué, nous serons en mesure de dire que tel traitement a donné des résultats sur tel patient et que l’on peut donc l’appliquer à tel autre, dans telle ou telle circonstance”, expliquait Jean-Pol Detiffe, CEO de la société, à l’occasion d’une session d’information organisée, en décembre dernier, par le pôle de compétitivité BioWin. “Aujourd’hui, les seules informations dont nous disposons sont celles qui portent sur la situation d’un patient à un moment T. A terme, il sera possible de procéder à des recommandations au niveau des médicaments en précisant leurs indications, leur degré d’efficacité clinique, les risques de toxicité…”